Paulus kam 61 n. Chr. nach Rom, um dort vom römischen Tribunal gerichtet zu werden, das ihn zum Tode verurteilte, da er Christ war; der Strafvollzug fand an einem Ort in der Nähe von Rom statt, der ad Aquas Salvias hieß (der später „Tre Fontane“ genannt wurde, da drei feine Strahlen hervorströmten, als der abgeschlagene Kopf dreimal auf den Boden prallte. Zur Ruhe gebettet wurde sein Leichnam zwei Meilen vom Ort des Martyriums entfernt in einem Gräberbezirk, den die Christin Lucina auf der Via Ostiense besaß, wo sie ihm ein Grab überließ. Obwohl er Christ war, war es möglich, den Apostel Paulus in einer römischen Nekropole zu bestatten, da er auch römischer Bürger war. Sein Grab wurde sofort zu einem Ort der Verehrung, über dem eine Cella Memoriae errichtet wurde. Diesem Denkmal wandten sich in den Jahrhunderten der Verfolgungen zahlreiche Gläubige und Pilger zu, um dort zu beten.
1,37 m unter dem heutigen Papstaltar befindet sich eine Marmorplatte (2,12 m x 1,27 m), die aus mehreren Stücken zusammengesetzt ist und die Inschrift trägt
PAULO APOSTOLO MART…
Das Stück, auf dem der Name PAULO steht, besitzt drei Öffnungen, eine runde und zwei quadratische.
Der Sarkophag
Über dem massiven Sarkophag von 2,55 m Länge, 1,25 m Breite und 0,97 m Höhe wurden in der Folge die Beichtaltäre oder „Altari della Confessione“ errichtet. Im Zuge jüngerer Baumaßnahmen wurde ein breites Fenster unter dem Papstaltar eingebaut, um den Gläubigen zu ermöglichen, das Grab des Apostels zu sehen.
